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2018年秋天，在梦想成为王者的18岁主人公面前，时光机突然出现。从时光机中现身的神秘少女告诉他：“我是从2068年过来的。魔王降临未来世界，他让人们饱受折磨，让世界陷入绝望之中”。为了改变未来绝望的世界而来到2018年的少女还对他说：“未来的你，成为了毁灭世界的魔王，时间的王者——时王”。命中注定会变身成为假面骑士时王的主人公，他不是英雄而是未来的魔王吗……他未来的命运究竟如何？这是一个主人公跨越时空，与历代平成假面骑士相遇，为了挽救过去、现在、未来而最终成为新时代王者的故事。

故事讲述的是帝骑穿越到各个假面骑士的世界去战斗的故事。空我、亚极陀、龙骑、555、剑、响鬼、甲斗王、电王、月骑、亚马逊、暗日、暗日生化体等假面骑士均会出现，这也是本剧的卖点之一。

一年前，私家侦探鸣海庄吉和他的弟子左翔太郎从神秘组织中解救出了一位少年。在逃亡过程中，庄吉中枪倒下了，剩下的两人走投无路……2009年秋天，在每个角落都有风车转动的城市——风都，翔太郎继承庄吉的衣钵经营着侦探事务所。庄吉的女儿鸣海亚树子来到翔太郎和一年前得救的少年菲利普面前，让他们马上离开。在与翔太郎纠缠的时候，亚树子得知了风都有怪人“掺杂体”作乱，而她也渐渐地被牵扯进了守卫风都的战斗中……

有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？