南太平洋1000尺的深海海底，美国政府发现了一艘已有300年历史的神秘太空船。当局立刻组成了一队由心理学家诺曼·古德曼、生物化学家贝丝·哈波琳和数学家哈瑞·亚当斯这三位顶尖科学家组成的科学小组前往当地调查。他们利用高科技的实验艇深入海底进行探测。然而船体内部的一个巨大而怪异的球状体，拥有着洞悉每个人的内心世界的强大魔力，它似乎能控制每个人的思想和行为。

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明物体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中的超能力者令与纱绫香趁隙逃了出来。数月之后，不明物体的攻击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士亚极陀，与G3-X一同前住救援。但战斗中G4的出现让大家非常震惊。在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量过于强大，所以装备它的人都会性命不保。到底是谁偷走G4设计图又制造了它？不明物体的攻击到底来自何方？假面骑士亚极陀，G3-X，G4与不明物体之间的战争一触即发！

刚从美国回来的周勤想回国发展自己的事业，来到了昔日教授刘子纯任职的永盛集团，担任了证券部经理一职，并偶遇了已与吴刚相恋的前女友曼芳。然而，周勤上任不久，财务总监贺子欣自杀了，而调查此案的正是周的情敌吴刚。因为周颇得总栽的赏识，遭到了副总栽陈权的嫉妒。陈权带了新的秘书KACY来参加舞会，并让KACY去接近周勤，这时，吴刚突然出现，带走了刘子纯协助调查贺子欣自杀一案。