在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前，落下的震荡和冲击导致四周一片混沌。在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影——正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン。 在远离人烟的浓雾高原上，和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン，实际上非常讨厌人类。无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン，立即准备离开，但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起，两位无法分开。束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去。 在另一个地方，巨大的齿轮在四面八方持续转动着。超级机械都市水银

我国警方在某沿海城市截获一国际贩毒集团的毒品和密码光碟，受亚洲金融风暴的影响，香港房氏集团急需用钱，便与南美贩毒头目卡尔联手，他们劫走菲律宾警方抓获的贩毒成员占士，抢走日本福冈银行的巨款。在国际刑警组织的布置下，中国、日本、菲律宾、香港三国四方国际刑警实施了"猎豹行动"，终将企图夺回毒品和光碟的贩毒分子一网打尽。

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险…… 另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500 年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为 “魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯

2095年，纽约市上空突然出现了来历不明的金字塔飞行物体，没有人知道里面藏着什么。事实上，藏身其中的就是埃及诸神，其中还禁闭着一个被诸神判刑的鹰头人身神袛--太阳神何若斯。因为太阳神只剩下七天可活，为了延长他不朽的神力，他逃离金字塔，朝混乱的尘世而来，寻找一对可以生育的男女，延续他的不朽。由于太阳神是鹰头人身的怪物，所以他必须先找到一名凡人与之合体，才能藉助该人的身体为其延续后代。

通灵者果戈里和一位杰出的探员古罗共同来到波尔瓦塔调查一起疑团重重的凶杀案，在这里他遇到了爱情，但却遭受了致命的打击，当地人的传言说，凶手不是别人，正是化身为黑暗骑士的魔鬼。