蜂蜜与四叶草讲述美大生─竹本裕太在贫穷与森田忍学长所带来的烦恼之中度过的大学生活。有一天，竹本他们的大学老师花本修司向他们介绍了他的亲戚花本育。竹本裕太对她一见钟情、而古怪的学长森田忍似乎也对她相当在意。然而，森田的爱情表现（特别是最重要的小育）让人无法感受，周遭的人除了森田被小育所讨厌以外什么都不知道。可是、与森田熟识的竹本却注意到了森田真正的心意，才华洋溢的的天才森田学长居然是自己的情敌，这令竹本的心中抹上一股不安。然后，竹本的担忧成了事实。小育和森田互相被对方所吸引，而双方也对此有了自觉。然而，两人

毛头小子竹本是美术系新生，对大学生活充满了憧憬，入驻公寓第一天便受到两个人的震撼：浑身裹着古怪艺术家气质的同屋森田，才华横溢而浑身萝莉气的自闭少女花本育，二人几乎同时喜欢上小育，但小育和美术老师阿修有亲戚关系，被他保护得非常严密。另一个室友真山被女生山田默默爱着，但他却痴迷打工时的上司——美丽成熟的建筑师理花。两条故事线交织着青春的一切：大学生活，艺术梦想，狂狷的内心，矛盾的感情。在身边人个个闪闪发光的映衬下，最为单纯平凡的竹本，从最初的迷茫慢慢意识到自己的成长……